Commit cf2e2fbf authored by Hyun Soo Kim's avatar Hyun Soo Kim
Browse files

delete old code

parent acee07a5

src/ProteinFactory.java

+0 −94
Original line number Diff line number Diff line
@@ -215,100 +215,6 @@ public class ProteinFactory { 
        }

    }



//    public void addAlanine(Protein protein, boolean isLast) {

//        if (isLast) {

//            protein.atomBuffer.append("CCCOONHHHHHH");

//            protein.atomCount += 12;

//

//            int atomIdx = protein.atomCount;

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", protein.terminusC, atomIdx + 5));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 1));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 6));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 7));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 8));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 1, atomIdx + 2));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 1, atomIdx + 5));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 1, atomIdx + 9));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 2, atomIdx + 3));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 2, atomIdx + 3));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 2, atomIdx + 4));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 4, atomIdx + 10));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 5, atomIdx + 11));

//

//            protein.complete = true;

//        } else {

//            protein.atomBuffer.append("CCCONHHHHH");

//            protein.atomCount += 10;

//

//            int atomIdx = protein.atomCount;

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", protein.terminusC, atomIdx + 4));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 1));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 5));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 6));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 7));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 1, atomIdx + 2));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 1, atomIdx + 4));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 1, atomIdx + 8));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 2, atomIdx + 3));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 2, atomIdx + 3));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 4, atomIdx + 10));

//

//            protein.terminusC += 2;

//        }

//    }

//

//    public void addArginine(Protein protein, boolean isLast) {

//        if (isLast) {

//            protein.atomBuffer.append("CCCCOONCNCNNHHHHHHHHHHHHH");

//            protein.atomCount += 25;

//

//            int atomIdx = protein.atomCount;

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", protein.terminusC, atomIdx + 11));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 1));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 7));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 12));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 13));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 1, atomIdx + 2));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 1, atomIdx + 14));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 1, atomIdx + 15));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 2, atomIdx + 3));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 2, atomIdx + 6));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 3, atomIdx + 4));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 4, atomIdx + 10));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 5, atomIdx + 11));

//

//            protein.complete = true;

//        } else {

//            protein.atomBuffer.append("CCCONHHHHH");

//            protein.atomCount += 10;

//

//            int atomIdx = protein.atomCount;

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", protein.terminusC, atomIdx + 4));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 1));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 5));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 6));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx, atomIdx + 7));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 1, atomIdx + 2));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 1, atomIdx + 4));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 1, atomIdx + 8));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 2, atomIdx + 3));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 2, atomIdx + 3));

//            protein.bondList.add(String.format("%d %d", atomIdx + 4, atomIdx + 10));

//

//            protein.terminusC += 2;

//        }

//    }



//    public static Protein initProtein(AminoAcid aminoAcid) {

//        Protein protein = new Protein();

//

//        return protein;

//    }



    public void addAminoAcidLast() {



    }



    public void generateProtein(int atomCount) {



    }